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表觀遺傳多組學

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發(fā)布時間：2024-05-21 08:15:32 更新時間：2025-02-18 14:35:05

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　　表觀遺傳多組學DNA甲基化+轉錄組(RNA-seq)

　　聯(lián)合轉錄組(RNA-seq)，可以了解樣本中DNA甲基化修飾和RNA表達是否存在整體上的相關性、樣本中哪些基因的轉錄表達受到DNA甲基化修飾的影響的基因及功能。

　　RNA甲基化(m6A修飾)+轉錄組(RNA-seq)

　　在進行m6A相關研究時結合轉錄組(RNA-seq)，進一步挖掘RNA甲基化酶靶基因，探究轉錄本修飾水平與基因表達水平的相關性。

　　染色質(zhì)微環(huán)境多組學ATAC-seq+轉錄組(RNA-seq)

　　將 ATAC 與轉錄組 (RNA-seq) 關聯(lián)分析，可以研究 ATAC 信號反映的染色質(zhì)開放性程度與基因表達調(diào)控的機制，評估用染色質(zhì)開放性闡述轉錄水平乃至下游表型變化的可信度。

　　CUT&Tag+ATAC-seq+轉錄組(RNA-seq)

　　CUT&Tag 與 ATAC-seq 以及轉錄組 (RNA-seq)聯(lián)合分析，可以探究組蛋白標記調(diào)控和染色質(zhì)開放性的一致相關性，探究轉錄因子調(diào)控轉錄起始的過程，以及完善染色質(zhì)微環(huán)境調(diào)控基因表達的調(diào)控網(wǎng)絡。

　　Hi-C+轉錄組(RNA-seq)

　　整合 Hi-C 與轉錄組 (RNA-seq)數(shù)據(jù)，用以研究染色體結構變化與基因表達調(diào)控之間的關系，從基因組、轉錄組兩種組學結合的視角闡述生物體性狀形成的相關機制。

多組學送樣建議

DNA 甲基化	取樣標準	表觀遺傳學具有顯著的組織特異性，不同組織細胞間甲基化狀態(tài)可能會有巨大差異，重點需要參考老師的研究課題進行取樣
DNA 甲基化	測序深度	全基因組甲基化測序，測序深度建議 30×/ 樣
RNA 甲基化 (m6A 修飾 )	取樣標準	取樣時間、部位、環(huán)境等盡量保持一致，不同類型的樣本可能會存在一定差異，針對具體研究部位進行取樣
ATAC-seq	取樣標準	取樣過程中，盡可能減少人為造成的樣品間差異，且確保自己的樣本沒有外源污染
CUT&Tag/ChIP-seq	取樣標準	采集的樣本應該通過嚴格的細胞學、組織學、病理學等相關鑒定，且確保自己的樣本沒有外源污染
Hi-C	取樣標準	微小個體生物，建議選擇相對近源的物種進行混樣，混樣個體切忌太多；含水量極高的樣本，建議客戶多準備一些樣本，選擇底部細胞沉淀進行實驗；輔助組裝樣本盡可能保持與基因組樣本來自同一個體 ( 或相對近源的個體 )
注：各組學樣本分裝保存并寄送

信息分析內(nèi)容 ( 單組學 )

DNA 甲基化	RNA 甲基化	Hi-C
甲基化位點檢測	結合位點檢測 (peak calling)	互作圖譜構建
單樣本甲基化分析	Motif 分析	差異互作圖譜分析
功能區(qū)域甲基化水平分布	基因功能區(qū) peak 分布	A/B compartments 分析
差異甲基化區(qū)域分析	差異分析	TAD 分析

信息分析內(nèi)容 ( 多組學 )

DNA 甲基化	RNA 甲基化 (m6A 修飾 )	ATAC-seq	CUT&Tag/ChIP-seq	Hi-C
與 RNA-seq 聯(lián)合分析
從染色體層面、基因及上下游層面展示 DNA 甲基化修飾與基因表達的關系研究轉錄組差異基因表達與甲基化修飾的關系揭示 DMR 相關基因的表達與甲基化修飾的關系研究 DMR 相關基因與差異基因的 overlap 基因并進行功能分析	結合轉錄組數(shù)據(jù)，篩選 overlap 基因集 Overlap 基因集功能分析	獲得 RNA-seq/ ATAC-seq 信號分布情況；研究差異表達與染色質(zhì)可及性關系；研究差異表達與差異染色質(zhì)可及性，篩選 overlap 基因集并進一步分析；	研究基因的表達水平和 CUT&Tag 信號水平關系差異表達基因的表觀水平變化的研究研究差異峰相關基因的表達水平變化篩選并分析差異表達與差異峰相關 overlap 基因集并進行功能分析	研究處理組和對照組 A/B compartment 的變化區(qū)域與對應的基因的表達水平變化統(tǒng)計差異互作區(qū)域對應的差異表達基因的表達水平，并觀察三維染色質(zhì)互作的變化與基因表達變化的關系鑒定保守 TAD 區(qū)域，并利用轉錄組數(shù)據(jù)對其進行分類分析；